木瓜有皱皮木瓜、毛叶木瓜、光皮木瓜、番木瓜、宣木瓜、夏威夷木瓜、野木瓜等品种。
1. 皱皮木瓜：一种小型灌木，高度在1-2米左右。花为猩红色，也有淡红色或白色，但很少见。花期在每年的3-5月份，等到9-10月份果实才能成熟。果实形状为球形，直径在4-6厘米之间，木质素含量比较低。可以制作果脯，也能用来做酱。
2. 毛叶木瓜：属于小乔木或灌木，能长到2-6米高。花先于叶子开放，颜色是白色或淡红色，而且是2-3朵簇生在一起。果实卵圆形，也有的接近圆柱形，但顶端有一个突起，表面黄色有红晕。
3. 光皮木瓜：在我国的很多地方都有分布，作为观赏花卉或是取果实食用都很不错。光皮，是指其干燥后，果皮仍然不会皱缩。
4. 番木瓜：属于番木瓜科番木瓜属。其花有单性有两性，雄花为圆锥花序，花冠乳黄色，有5片花瓣，雌花则是伞房花序，多为乳黄色或黄白色。果实为肉质浆果，成熟后为黄色，味道比较香甜。
5. 宣木瓜：安徽省宣城市宣州区特产，全国农产品地理标志，富含19种氨基酸、18种矿物微量元素以及大量维生素C。