1. 性质不同：天然肠衣可以很好地保存肠衣的水分，可以直接食用，水分和烟味都可以很好的腌制进去，营养价值很高。人工的肠衣不能够直接食用，加工加热的时候需要观察温度，不容易变软，不容易被加工，加工不当的话容易破裂。
2. 保存时间长短不同：天然肠衣加工和保存的时候容易有虫子腐蚀，保存时间不长。人工的肠衣保存的时间比较长。
肠衣：
肠衣是家畜的大肠、小肠经刮制而成的畜产品。主要用作填制香肠和灌肠的外衣；羊肠衣还可制成肠线，供制作网球拍线、弓弦和外科缝合线等用。肠衣按畜别分有猪肠衣、羊肠衣和牛肠衣。按部位分有大肠衣、小肠衣。肠自内向外分成粘膜、粘膜下层、肌层和浆膜4层。根据畜别和加工成品的不同要求，对上面四层的处理也不一样。品质优良的肠衣应是坚韧半透明的。现在新兴的为胶原蛋白可食用肠衣。