魅族16s是屏幕指纹，它采用不同于超声波指纹技术的二代透镜式屏下指纹技术，后者识别速度更快，湿手识别率更高，优势尽显，并且支持微信和支付宝支付。相较于上一代手机，16s的指纹识别速度提升百分之100，湿手解锁成功率也提升了百分之30。
魅族16s搭载高通骁龙855移动平台，具有7nm低功耗制程工艺，Adreno640GPU，3倍AI性能提升。此外，该机搭载UFS2.1，配备6GB/8GB内存。
魅族16s搭载了基于AndroidP加Flyme7.3打造的OneMind3.0，具备了切断唤醒3.0、智能冻结3.0、资源托管2.0、内存清道夫2.0、内存压缩2.0、进程收割者3.0、异常自动修复2.0。
魅族16s后置4800万像素AI双摄（IMX586加IMX350），支持OIS四轴光学防抖，支持双超级夜景模式、极限4800万像素模式。