主要区别有：位置不同、车站规模不同、主要线路不同。
一、位置不同
1. 保定东站：位于保定市莲池区开泰街，白洋淀大道以南、裕华路以北、京港澳高速公路以东1.5公里。
2. 保定站：位于保定市竞秀区阳光南大街519号。
二、规模不同
1. 保定东站：建筑面积20000平方米，站台规模为2台6线。
2. 保定站：建筑面积4.2万平方米（截至2011年11月），站台规模为5台10线（截至2011年11月）。
三、主要线路不同
1. 保定东站：主要线路：京广高速铁路、津保铁路、固保城际铁路、京雄城际铁路、京石城际铁路。
2. 保定站：主要线路：京广铁路、津保铁路。